Đội Thiếu Niên Siêu Đẳng xoay quanh câu chuyện kỳ diệu với 3 học sinh Kim Bong-Seok, Jang Hee-Soo và Lee Gang-Hoon học cùng trường trung học. Họ trông giống như những học sinh bình thường, nhưng họ có những khả năng đặc biệt mà họ thừa hưởng từ cha mẹ. Kim Bong-Seok có khả năng bay. Jang Hee-Soo có khả năng thể thao tuyệt vời và anh ấy có thể nhanh chóng hồi phục sau chấn thương, chẳng hạn như bị bắn hoặc bị đâm. Lee Gang-Hoon có sức mạnh và tốc độ phi thường. Ba học sinh này cố gắng che giấu khả năng đặc biệt của mình với người khác, trong khi cha mẹ của họ đấu tranh để bảo vệ họ khỏi bị người khác lợi dụng.